マネジメントユニット
コーポレートユニット
『経営戦略ユニット』『経営企画・管理ユニット』『DX推進ユニット』『事業開発ユニット』『総務ユニット』の5つのユニット体制で、CEOのグローバルの経営戦略立案、第一三共グループ経営の円滑な推進管理をサポートしています。
機能ユニット
『研究開発』『バイオロジクス』『製薬技術』『サプライチェーン』『信頼性保証』『安全管理』の６つの機能のユニット体制で、それぞれの専門分野におけるグローバル戦略の策定と執行を指揮し、事業運営効率の向上を図っています。
事業ユニット
疾患領域の軸としたオンコロジービジネスユニット、地域軸を優先したジャパンビジネスユニット、ASCAビジネスユニットなど、計6つの事業ユニットが各領域、地域の戦略立案と執行を担っています。
ジャパンビジネスユニット
これまでに築きあげてきたプライマリーケア事業での強みを梃子に、日本におけるがん事業の拡大を加速させるため、地域軸を優先した事業ユニットです。
オンコロジービジネスユニット
欧米のがん事業、並びにグローバルのマーケティング機能、マーケットアクセス・プライシング機能、メディカルアフェアーズ機能、アライアンスマネジメント機能を有する、がんに特化した事業ユニットです。
EUスペシャルティビジネスユニット
欧州のスペシャルティ事業の長期的発展を推進することを目的とした事業ユニットです。
欧州グループ会社のDAIICHI SANKYO EUROPE GmbH（DSE、イギリス、ドイツ、フランス、オーストリア、ベルギー、スイス、スペイン、イタリア、オランダ、ポルトガル、トルコ及びアイルランドの12カ国に支店を持つ）の高血圧症、抗血栓症等の医療用医薬品事業を展開しています。
ASCAビジネスユニット
アジア、中南米諸国を中心に日米欧以外の地域での事業戦略を企画・推進する事業ユニットです。成長著しい新興国に積極的に資源を投入し、地域医療に貢献することをミッションとしています。現在、中国、韓国、台湾、香港、タイ、ベトナム、ブラジルに販売拠点があります。
アメリカンリージェントユニット
米国において、主に注射剤の開発・製造・販売を行っています。
第一三共ヘルスケアユニット
OTC医薬品（要指導医薬品及び一般用医薬品）の開発、製造、販売を行なっています。さらに医薬部外品、化粧品、食品も取り扱っています。
ジェネラルカウンセル
ジェネラルカウンセルは、CEOに対して法律に関する助言を行う。